Tras su última derrota a manos de Sonic y Tails, la estación espacial de Ronotnik, la Death Egg, ha caído sobre Angel Island, hogar de una antigua civilización cuyo único superviviente es Knuckles el Equidna. Sabiendo que Sonic vendrá a detenerle, Robotnik urde un astuto plan para convencer a Knuckles de que Sonic es su enemigo y que la única forma de deternerle es robarle las Chaos Emeralds.

De este modo, junto a su inseparable compañero Tails, Sonic deberá recorrer Angel Island de cabo a rabo para recuperar las Chaos Emeralds haciendo uso de nuevas habilidades y power-ups exclusivos. Un clásico del género plataformero que, junto a Sonic & Knuckles, puso fin a la sobresaliente trilogía de Sonic en Mega Drive.