El juego empieza inmediatamente después del final de 'Jak & Daxter: El legado de los precursores'. Tras activar el portal con los dos objetos dejados en un pasado remoto por los precursores, Jak, Daxter, Kiera y Samos aparecen en Villa Refugio, una ciudad gobernada por un corrupto y maligno dictador, el Barón Praxis.

El grupo es separado en su llegada. Jak es apresado pero Daxter consigue liberarlo dos años mas tarde, nuestros dos aventureros se unirán al grupo de La Resistencia para poder liberar al pueblo de la dictadura del Barón y de los monstruos Cabezachapas.

El sistema de juego es parecido al del primero, conserva el modo plataformero pero tiene un toque más adulto ya que se le añaden armas de fuego a parte de los golpes corporales observados en el primer juego; estos se verán potenciados en esta secuela debido ciertos experimentos que se le hacen a Jak en prisión. En el juego se podrán obtener 4 tipos de armas de fuego distinta, cada una con sus habilidades que nos servirán para poder seguir avanzando en el juego.