El juego tiene lugar en la segunda parte de su predecesor 'Fire Emblem: Sensein no Keifu', a principios del año 776.

Leif, hijo del caído Rey Quan de Leonster, está tratando de restaurar el Reinado de su padre, después de que los Caballeros del Dragón del Reino de Thracia acabase con la paz bajo el mando del Rey Travant.

El juego incluye un sistema de fatiga, en el que si los puntos de fatiga superan los de vida, el jugador no podrá usar a los personajes en el siguiente capítulo y tendrá que cambiar su estrategia constantemente.