Tras el fracaso del plan del Doctor Neo Cortex y la caída de su base espacial sobre la jungla, la malvada máscara Uka Uka es finalmente liberada.

Uka Uka, que también ansía el poder de los cristales, trama entonces un plan perfecto para hacerse con ellos: localizarlos en su época original gracias a la máquina del tiempo del Doctor N. Tropy, el nuevo fichaje del equipo. Una vez más, Crash, Coco y Aku Aku deberán ponerse en marcha y adelantarse a los planes de Neo Cortex, Uka Uka y N. Tropy, localizando los cristales antes de que lo hagan ellos.