Después de haber sido derrotado por Crash Bandicoot en el juego anterior, el Doctor Neo Cortex encuentra por accidente un extraño cristal que parecen albergar un gran poder. Tras descubrir que existen otros 25 cristales en distintas partes del mundo, Neo Cortex trama un engaño para convencer a Crash y su hermana Coco de que le ayuden a buscarlos y poder construir así el arma definitiva. Usando la máquina teletransportadora de Cortex, el ingenua de Crash se pone de nuevo en marcha.

Un buen montón de niveles, nuevos retos y la aparición de antiguos conocidos son los ingredientes de un título que sentó de forma definitiva las bases jugables de la saga, introduciendo jugosas novedades como los desafíos contrarreloj o la consecución de gemas especiales por destrozar todas las cajas de un mismo nivel.