'Toukiden 2' está centrado en un mundo ficticio donde los humanos se enfrentan a una batalla por conseguir la paz contra demonios conocidos como "Oni".

El jugador toma el control de un asesino, un guerrero que se enfrenta al Oni, y tras enfrentarse en el gran conflicto de "The Awakening" se despierta con pérdidas de memoria en el pueblo de Mahoroba. Hakase le contrata para que se una a su grupo para acabar con la conquista de Oni para descubrir la verdad que esconde el conflicto.