Los terribles mutantes y robots del científico loco Baxter Stockman se han aliado con el siniestro ejército del Clan del Pie para aterrorizar a todas las buenas gentes de la ciudad de Nueva York.

Sólo las conocidas tortugas ninja Leonardo, Raphael, Michelangelo y Donatello podrán proteger sus estaciones de metro, alcantarillas, tejados y calles de la campaña de destrucción en la que están inmersas.