En 'Jet Force Gemini' asumiremos el papel de tres miembros de la Jet Force Gemini, el único grupo que queda en pie de lo que un día fue una poderosa organización militar Jet Force.

La historia principal combina las misiones de los tres protagonistas con su intento de deterner el avance del tirano Mizar, quien está infestando la galaxia con su ejército de Drones.