La historia nos pondrá en la piel de Jason Brody, quien de repente aparece en una misteriosa isla tropical atado de pies y manos, capturado por los que parecen ser los dueños de la isla, que intentan matarle ahogándole en un rio.

En este paraíso salvaje, donde la anarquía y la violencia son la única cosa segura, los jugadores determinaremos cómo se desarrolla la historia, a partir de las batallas en las que decidiremos combatir a los aliados o enemigos que hay a lo largo del camino.