Bomberman y sus amigos se encuentran celebrando su victoria ante Altair y Sirius en un misterioso planeta en el que se encontrará un misterioso huevo. En medio de esta fiesta nuestro protagonista será detenido por las fuerzas de este lugar y logrará escapar gracias a Poomy, el cual nacerá de ese mencionado huevo.

Partiendo de su primera entrega el título se sometió la franquicia a una serie de cambios. Se añadieron más jefes finales, la capacidad de fusionar varios cristales para realizar distintos ataques así como una amplia mejora en el modo multijugador con muchas más opciones de juego.