Con el objetivo de detener los experimentos con metroides que están llevando a cabo los piratas espaciales, Samus llega al remoto planeta Zebes, donde deberá hacer frente de innumerables hordas de formas de vida hostiles y a poderosos enemigos de la talla de Kraid, Ridley y Mother Brain, la forma de vida biomecánica que controla el complejo.

Metroid: Zero Mission es una versión mejorada de la primera aventura de Samus para NES que cuenta además con un fragmento de juego adicional totalmente inédito. En plena huida de Zebes tras la derrota de Mother Brain, Samus es atacada, capturada y desprovista de todo armamento por los piratas espaciales. Estando prácticamente indefensa, ¿será capaz ahora de infiltrarse en su nave y huir del planeta de una vez por todas?