Mega Man X, su valiente colega Zero y el nuevo héroe Axl impulsan esta nueva aventura de Mega Man hacia el futuro. Compaña a nuestros héroes para enfrentarte a monstruos máquina y a enormes jefes en amplios mundos completamente interactivos para derrotar al Red Alert Syndicate

Entre las nuevas habilidades, se encuentra la de cambiar los combos de ataque, que se pueden ejecutar intercambiando los personajes en cualquier momento. El título combina las perspectivas 2D tradicionales con las 3D.