Retomando la historia dos años después del primer Ape Escape, Ape Escape 2, siguiendo el estilo de plataformas de su antecesor, se centrará nuevamente en la persecución del malvado mono Specter y la detención de 'Los Cinco Monos Locos' a la ves que capturamos monos alrededor del mundo.

Así pues, el Profesor, Hikaru y Natsumi se verán envueltos en una nueva aventura llena de peligros y minijuegos que sin duda nos harán pasar grandes momentos.