Seis meses han pasado desde la lucha contra los Dark Signers. New Domino City y Satellite finalmente han sido reunidos y ahora viven en paz y armonía. Hasta la llegada de tres misteriosas personas que decían ser de Yliaster y un nuevo y misterioso duelista llamado Ghost. Ahora, sólo Yusei puede detenerlo. Batalla en el modo Historia en el mundo de Yu-Gi-Oh! 5D e interactúa con más de 100 personajes.