Bowser, el Rey de los Koopas, y su espeluznante descendencia han vuelto a invadir el reino. A su paso han incautado todos los cristales preciosos y ahora depende de ti, armado con un arma de gran confianza, montar a Yoshi para rescatar el Reino de sus malvadas garras. 

Juega solo o junto a un amigo guiando a Yoshi a través de punto de vista en primera persona mientras disparas con precisión milimétrica con la Super Scope para restaurar la paz perdida.