La Tierra ha sido devastada por los excesos humanos, los conflictos menores y la invasión alienígena. La población mundial se ha concentrado en enormes ciudades, la primera de las cuales fue Mega Primus.

2084: Una utopía hecha añicos, el colapso social y el malestar civil reinan en Mega Primus. Los diabólicos alienígenas aterrorizan a la ciudad. Los ovnis atraviesan constantemente los portales dimensionales. La ciudad se encuentra bajo la amenaza constante de un enemigo desconocido.

Tu misión, como comandante de X-COM, es combatir la agresión alienígena y descubrir sus mortíferas intenciones. Pero ten cuidado, los infiltrados extraterrestres y sus líderes políticos pueden ponerte en cualquier momento bajo el punto de mira de bandas criminales, sectas religiosas e incluso de la policía.