Poco después de mudarse a a Port Island e ingresar en una nueva escuela, el joven Minato Arisato sufrirá el ataque de una poderosa sombra, lo cual desencadenará en el despertar de su Persona, una manifestación espiritual de su propio interior.

A partir de ese momento, comenzará a descubrir la verdad sobre la llamada Hora Oscura, un vacío temporal situado entre el fin de un día y el comienzo del siguiente en la que terribles entidades oscuras campan a sus anchas a la caza de víctimas humanas. Una terrible amenaza que aprenderá a combatir en compañía de sus compañeros del SEES, un aparentemente inofensivo grupo de estudiantes tras los que se esconde un auténtico equipo de cazadores de sombras.

Como en el resto de entregas de la saga, además, 'Shin Megami Tensei: Persona 3' aúna el JRPG con la simulación social, permitiendo al jugador vivir el día a día del protagonista en el instituto y formar gradualmente profundas relaciones con el resto de personajes de la trama.