Puzzle Bobble Universe nos trae de nuevo a los hermanos Bub y Bob, esta vez metidos en una aventura relacionada con una nave vacía y un grito de ayuda lejano. Sin embargo, lo que nuestros dos dinosaurios no saben es que en los planetas cercanos hay “puertas” que una vez abiertas dejan salir gran cantidad de burbujas que se convierten rápidamente en escombros espaciales peligrosos.

El jefe malvado ha capturado a Bob, por lo que Bub deberá actuar rápidamente para que todos los planetas y sus habitantes estén a salvo.