La serie de Mega Man entra en la arena de batallas de cartas con 'Mega Man ​​Battle chip Challenge'. Jugarás el papel de un joven llamado Lan que es dueño de un dispositivo único que se conoce como un "Net-Navi". 

La malvada organización WWW amenaza con alterar el orden del ciberespacio. Con ayuda de su dispositivo LAN debe introducir en el sistema a Mega Man, un robot cuyo único objetivo será acabar con las aspiraciones del mal armado con un virus destructivo. Nuestras armas consistirán en tarjetas y chips de batalla, que se puede accionar como power ups.

La batalla final para la dominación de la red acaba de comenzar.