El juego comienza cuando Taiki, Zenjirou y Akari llegan al Mundo Digital. Al llegar reciben un mensaje de que el Digimundo está en peligro y ellos son los únicos que pueden salvarlo.

En 'Digimon Story: Super Xros Wars Blue' podrás encontrarte con hasta 350 Digimon diferente, que según los vayas derrotando podrás obtener Digimemories. Además cada juego trae cartas exclusivas respecto de la versión "Digimon Story: Super Xros Wars Red'.