Blazing Angels 2: Secret Missions of WWII se centra en un grupo depilotos de élite reunidos al inicio de la guerra para formar un equipo secreto especial con un único propósito: afrontar las misiones más difíciles por todo el mundo y resolver cualquier crisis que los pilotos normales no podrían conseguir. El escuadrón no tardará en enfrentarse contra el enemigo más peligroso de todos: una organización secreta dentro del Tercer Reich empeñada en un plan tremendamente ambicioso para construir el arma definitiva, un arma que podría ganar por sí sola la guerra.