Tras quedarse atrapada debajo de una enorme roca al final de Banjo-Kazooie, la bruja Gruntilda ha vuelto, y su regreso no puede ser más perverso.

Formando una conspiración con sus espantosas hermanas Mingella y Blobbelda, Grunty ha urdido un disparatado plan para recuperar su belleza perdida utilizando el Big O'Blaster (B.O.B.), una máquina que absorbe la energía de los seres vivos de la isla de B-K. Naturalmente, Banjo, el jovial oso, y Kazooie, la sensata gaviota instalada en la mochila azul de Banjo, harán todo lo que está en su mano para detener el maléfico plan de Grunty.

Los desarrolladores de Rare han ampliado enormemente las posibilidades de este juego mediante la incorporación de 14 juegos multijugador. Sin perder el carácter irónico de Banjo-Tooie, se incluyen escenas disparatadas de fútbol y coches de choque, así como disparos en primera persona con el arma Kazooie lanza-huevos.